Lo primero que he hecho es tratar de ejecutar el comando NETSH http add urlcal url=https//*:8443/ listen=yes user= "NT AUTHORITY\NETWORK SERVICE" y también me daba error:

Como con el error tampoco podrí ahacer mucho, lo primero que se me vino a la cabeza es que el instalador sólo es para versiones en Inglés de Windows, por lo que el comando "correcto" para Windows ES sería este: NETSH http add urlcal url=https//*:8443/ listen=yes user= "NT AUTHORITY\SERVICIO DE RED" y que casualidad … FUNCIONA!!

Hecho esto, lo primero que hago es instalarme una versión de Windows Server 2012 R2 en Inglés, y como era de espesrar el proceso de instalación terminó correctamente:
Incluso he terminado con el proceso en el servido que tendrá el servicio web en donde mostraremos en tiempo real las estadísticas de los servidores de Skype For Business (he omitido el resto de capturas de pantalla del proceso de instalación):

Por lo que lo único que me quedaba eran los agentes y dos procesos sencillos, y justo ahí es cuando vuelve a fallar el proceso de instalación del Agente (StatsManPerfAgent.msi):

El mensaje parece bastante claro (no puede agregar el usuario Network Service al grupo Performance Monitor Users), si nos vamos al visor de eventos también lo podoemos ver con claridad:

El problema parece que quier añadir al usuario Network Service a un grupo local que no existe, bueno si existe pero con el nombre en español:  Usuarios del monitor de sistema. Por lo que "mi gozo en un pozo", porque lo que no puedo hacer es instalar nuevamente los servidores de Skype For Business en Inglés (son servidores que están en producción).

Yo instalando en un Windows Server en INGLÉS fue  perfecto, pero los agentes como están en ESPAÑOL ha dado el error que os he mostrado. Desde mi punto de vista el problema está claro, pero puedo estar equivocado, si alguien encuentra solución por favor, avisarme!! .

Espero que os sea de utilidad!!!